Das Kreisgymnasium Bad Krozingen bietet ein naturwissenschaftliches und ein sprachliches Profil an. Die Wahl eines der beiden Profile bedeutet heute keine grundsätzliche Weichenstellung mehr für die Kinder mit Auswirkungen auf ihren gesamten Bildungsgang bis ins Abitur. Vielmehr hat das Kultusministerium im Rahmen der Bildungsreform der letzten Jahre die weitgehende Vereinheitlichung der gymnasialen Ausbildung forciert.
In den Klassen 5 – 7 gibt es keinerlei Unterschiede, alle Schülerinnen und Schüler werden in den gleichen Fächern mit gleichen Stundenzahlen unterrichtet.
Alle Schülerinnen und Schüler beginnen mit Englisch als erster Fremdsprache.
Als zweite Fremdsprache folgt dann Französisch in Klasse 6. Das erleichtert auch den Übergang auf andere weiterführende Schulen.
Am Ende von Klasse 7 wählen die Kinder zusammen mit ihren Eltern ihr Profilfach für die Schuljahre 8 bis 10. Entweder Spanisch als 3. Fremdsprache oder NwT (Naturwissenschaft und Technik). Vor der Wahl bietet die Schule Eltern und Schülern ausführliche Information und Beratung an. Das Profilfach wird in den Klassen 8 – 10 dann als 5. Kernfach (neben Deutsch, Mathematik, Englisch und 
Französisch) unterrichtet. In allen anderen Fächern findet für alle genau der gleiche Unterricht statt, insbesondere haben die Schülerinnen und Schüler beider Profile Biologie, Physik und Chemie als Basiswissenschaften mit identischen Stundentafeln und identischen Inhalten.
Das Kernfach NwT, bei uns seit 2006/2007 eingeführt, legt großen Wert auf die Vermittlung prozessbezogener Kompetenzen wie Forschen, Projektarbeit sowie Organisation und Kommunikation. Inhaltlich liegt der Schwerpunkt auf technischen Aspekten von der Holzbearbeitung über die Verfahrenstechnik bis hin zur komplexen Steuerung mit Mikrokontrollern. Die Naturwissenschaften bilden hierfür stets die Basis. Im letzten NwT-Jahr erstellen die Schülerinnen und Schüler selbstständig eine halbjährliche Projektarbeit. Das Unterrichtsfach NwT endet dann mit Abschluss der 10. Klasse.
In der Kursstufe, also in den Jahrgangsstufen 11 und 12, sind die Schülerinnen und Schüler wieder frei in der Wahl ihrer Fächer im Rahmen der Belegungspflicht. Die Teilnehmer am sprachlichen Profil können also durchaus einen naturwissenschaftlichen Schwerpunkt belegen. NwT-Schüler können Französisch und Englisch belegen, lediglich Spanisch bleibt als Kursstufenfach den Teilnehmern des sprachlichen Profils vorbehalten.